kesempatan kedua hanya ada satu kali........

NCBI (National Center of Biotechnology Information)

Latar Belakang

      Setiap organisme memiliki sel-sel yang penyusun tubuh yang berbeda-beda, melainkan memiliki variasi sesuai dengan fungsi yang diperankannya meskipun kandungan gen sama. Adanya variasi tersebut disebabkan karena adanya perbedaan pola ketersediaan protein pada masing-masing sel, atau dengan kata lain disebabkan karena perbedaan pola ekspresi gen.Ekspresi gen pada dasarnya merupakan suatu proses sintesis protein. Proses ekspresi gen ini ditentukan oleh sel itu sendiri. Jika sel tersebut membutuhkan suatu protein maka gen tertentu akan diekspresikan, namun jika sel tersebut tidak membutuhkan protein maka gen tersebut tidak diekspresikan.Masa sekarang ini kita dapat dengan mudah mengetahui segala informasi tentang ekspresi gen dengan menggunaka nsebuah server yang bernama NCBI (National Center of Biotechnology Information), di mana di dalam NCBI dapat kita ketahui tentang informasi kesehatan dan bioteknologi tanpa harus bingung mencari buku referensi. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, protein, senyawa aktif dan taksonomi. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap dan diacu oleh para peneliti di dunia.

Tujuan

Tujuan dari artikel NCBI ini,pembaca dapat memahami dan mengerti tentang pengertian NCBI dan dapat mengakses NCBI.

Isi

      NCBI (National Center Of Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI mempunyai keunggulan yaitu, membuat data base dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical.Untuk lebih spesifik lagi, NCBI menyediakan kurang lebih dua program untuk membantu dalam pencarian, yaitu BLAST (Basic Local Alligament Search Tools) dan PCR (Polimerase Chain Reaction). BLAST merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.Para NCBI telah memiliki tanggung jawab untuk membuat tersedia di GenBank DNA urutan database yang sejak tahun 1992. [1] GenBank berkoordinasi dengan laboratorium individu dan database urutan lain seperti orang-orang dari Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (EMBL) dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ) . [2] Sejak tahun 1992, NCBI telah berkembang untuk menyediakan database lain selain GenBank. NCBI menyediakan Warisan Mendel Online di Man , Database Modeling Molekuler (struktur protein 3D), dbSNP database polimorfisme nukleotida tunggal , Koleksi Gene Urutan unik Manusia, Peta Gene dari genom manusia , Browser Taksonomi, dan koordinat dengan National Cancer Institute untuk menyediakan Proyek Genome Kanker Anatomi. Para NCBI memberikan pengenal unik (nomor ID Taksonomi) untuk setiap spesies organisme. Para NCBI memiliki alat perangkat lunak yang tersedia dengan WWW browsing atau melalui FTP. Sebagai contoh, BLAST adalah program yang mencari kemiripan urutan. BLAST dapat melakukan perbandingan urutan DNA terhadap database GenBank dalam waktu kurang dari 15 detik.
Di dalam BLAST (Basic Location Alligament Search tools) terdapat 5 program utama yaitu:

1.      Nucleotida blast (blastn): membandingkan suatu sekuens nukleotida yang kita miliki dengan data base sekuen nukleotida.

2.   Protein blast (blastp): membandingkan suatu asam amino yang kita miliki dengan data base sekuen protein.

3.      Blastx: membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan data base sekuen protein.

4.  Tblastn: membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan data base sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6-frame.

5.      Tblatsx: membandingkan suatu translasi 6-frame dari nukleotida.

Berikut adalah langkah-langkah dalam mengakses NCBI beserta program-progamnya.

>NCBI

1.      Ketik http://www.ncbi.nlm.nih.gov pada location bar pencarian

2.      Pilih preferensi pencarian yang digunakan dan ketik juga molekul yang ingin dicari sebagai kata kunci, kemudian Go

3.     Muncul sekuens yang berkaitan dengan molekul yang dicari dan pilih sekuens sesuai kebutuhan. Sekuens dengan kode awal NM menunjukkan sekuens nukleotida, sedangkan NP menunjukkan sekuens protein.

>BLAST

            1.         Buka halaman awal NCBI dan pilih BLAST

2.        Pada tampilan BLAST, terdapat beberapa pilihan antara lain untuk nukleotida dan untuk protein (pemilihan sekuens mengikuti langkah-langkah sebelumnya).

3.     Klik kolom Allign two or more sequences untuk membandingkan 2 sekuen yang berbeda. Kemudian masukkan sekuen yang dibandingkan ke dalam kolom yang tersedia.

4.         Setelah sekuen dimasukkan, klik tanda BLAST pada bagian bawah

>PCR

            1.        Buka website genbank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

2.   Masukkan urutan DNA ke dalam kolom yang telah tersedia, pada bagian akhir klik GET PRIMER

3.   Design primer juga dapat deperoleh dengan cara sebagai berikut, setelah diperoleh data nukleotida dari genbank, untuk memperoleh design primer dari sekuen nukleotida tersebut dapat dilakukan dengan memilih Analyzed This Sequence>Pick primer

4.   Hasil dari pemilihan tersebut adalah halaman pengisian karakter-karakter primer yang     diharapkan, kemudian pada bagian akhir pilih GET PRIMER

Kesimpulan

Kesimpulan yang diperoleh dari artikel di atas adalah pembaca mampu memahami dan pengertian dari NCBI itu sendiri beserta program-programnya dan mampu mengakses program-program dari NCBI.

Sumber

http://ritariata.blogspot.com/2010/03/pengenalan-ncbi.html

http://brianbio.lecture.ub.ac.id/modul-NCBI-Introduction-BLAST-3D-10-April.html

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/