NCBI (National Center of Biotechnology Information)
Latar Belakang
Setiap organisme memiliki sel-sel yang penyusun tubuh yang berbeda-beda, melainkan memiliki variasi sesuai dengan fungsi yang diperankannya meskipun
kandungan gen sama. Adanya variasi tersebut disebabkan karena
adanya perbedaan pola ketersediaan protein pada masing-masing sel, atau
dengan kata lain disebabkan karena perbedaan pola ekspresi gen.Ekspresi
gen pada dasarnya merupakan suatu proses sintesis protein. Proses
ekspresi gen ini ditentukan oleh sel itu sendiri. Jika sel tersebut
membutuhkan suatu protein maka gen tertentu akan diekspresikan, namun
jika sel tersebut tidak membutuhkan protein maka gen tersebut tidak
diekspresikan.Masa sekarang ini kita dapat dengan mudah mengetahui
segala informasi tentang ekspresi gen dengan menggunaka nsebuah server yang bernama NCBI (National Center of Biotechnology Information), di mana di dalam NCBI dapat kita ketahui tentang informasi kesehatan dan bioteknologi tanpa harus bingung mencari buku referensi. Data
base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini
yang menyangkut DNA, protein, senyawa aktif dan taksonomi. NCBI
merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya
dibidang kesehatan yang terlengkap dan diacu oleh para peneliti di
dunia.
Tujuan
Tujuan dari artikel NCBI ini,pembaca dapat memahami dan mengerti tentang pengertian NCBI dan dapat mengakses NCBI.
Isi
NCBI (National Center Of Biotechnology Information)
merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi
perkembangan biologi molekuler. NCBI mempunyai keunggulan yaitu, membuat
data base dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi
terkomputasi, mengembangkan software
penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical.Untuk lebih spesifik lagi, NCBI menyediakan kurang lebih
dua program untuk membantu dalam pencarian, yaitu BLAST (Basic Local Alligament Search Tools) dan PCR (Polimerase Chain Reaction). BLAST
merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen
yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui
perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.Para NCBI telah memiliki tanggung jawab untuk membuat tersedia di
GenBank DNA urutan database yang sejak tahun 1992. [1] GenBank
berkoordinasi dengan laboratorium individu dan database urutan lain
seperti orang-orang dari Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (EMBL) dan
DNA Data Bank of Japan (DDBJ) . [2]
Sejak tahun 1992, NCBI telah berkembang untuk menyediakan database lain
selain GenBank. NCBI menyediakan Warisan Mendel Online di Man , Database
Modeling Molekuler (struktur protein 3D), dbSNP database polimorfisme
nukleotida tunggal , Koleksi Gene Urutan unik Manusia, Peta Gene dari
genom manusia , Browser Taksonomi, dan koordinat dengan National Cancer
Institute untuk menyediakan Proyek Genome Kanker Anatomi. Para NCBI
memberikan pengenal unik (nomor ID Taksonomi) untuk setiap spesies
organisme.
Para NCBI memiliki alat perangkat lunak yang tersedia dengan WWW
browsing atau melalui FTP. Sebagai contoh, BLAST adalah program yang
mencari kemiripan urutan. BLAST dapat melakukan perbandingan urutan DNA
terhadap database GenBank dalam waktu kurang dari 15 detik.
Di dalam BLAST (Basic Location Alligament Search tools) terdapat 5 program utama yaitu:
1. Nucleotida blast (blastn): membandingkan suatu sekuens nukleotida yang kita miliki dengan data base sekuen nukleotida.
2. Protein blast (blastp): membandingkan suatu asam amino yang kita miliki dengan data base sekuen protein.
3. Blastx: membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan data base sekuen protein.
4. Tblastn:
membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan data base
sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan
6-frame.
5. Tblatsx: membandingkan suatu translasi 6-frame dari nukleotida.
Berikut adalah langkah-langkah dalam mengakses NCBI beserta program-progamnya.
>NCBI
2. Pilih preferensi pencarian yang digunakan dan ketik juga molekul yang ingin dicari sebagai kata kunci, kemudian Go
3. Muncul
sekuens yang berkaitan dengan molekul yang dicari dan pilih sekuens
sesuai kebutuhan. Sekuens dengan kode awal NM menunjukkan sekuens
nukleotida, sedangkan NP menunjukkan sekuens protein.
>BLAST
1. Buka halaman awal NCBI dan pilih BLAST
2. Pada
tampilan BLAST, terdapat beberapa pilihan antara lain untuk nukleotida
dan untuk protein (pemilihan sekuens mengikuti langkah-langkah
sebelumnya).
3. Klik kolom Allign two or more sequences untuk membandingkan 2 sekuen yang berbeda. Kemudian masukkan sekuen yang dibandingkan ke dalam kolom yang tersedia.
4. Setelah sekuen dimasukkan, klik tanda BLAST pada bagian bawah
>PCR
2. Masukkan urutan DNA ke dalam kolom yang telah tersedia, pada bagian akhir klik GET PRIMER
3. Design primer juga dapat deperoleh dengan cara sebagai berikut, setelah diperoleh data nukleotida dari genbank, untuk memperoleh design primer dari sekuen nukleotida tersebut dapat dilakukan dengan memilih Analyzed This Sequence>Pick primer
4. Hasil
dari pemilihan tersebut adalah halaman pengisian karakter-karakter
primer yang diharapkan, kemudian pada bagian akhir pilih GET PRIMER
Kesimpulan
Kesimpulan
yang diperoleh dari artikel di atas adalah pembaca mampu memahami dan pengertian dari NCBI itu sendiri beserta program-programnya dan mampu mengakses program-program dari NCBI.
Sumber
