SIG dan PENGINDERAAN JAUH

http://journal.ui.ac.id/upload/artikel/05-Penggunaan%20Metode%20Analisa_Bangun.PDF

Hasil Resume Jurnal PENGGUNAAN METODE ANALISA EKOLOGI DAN PENGINDERAAN
JAUH UNTUK PEMBANGUNAN SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS EKOSISTEM PANTAI adalah sebagai berikut :

Metode Penelitian
          Sistem Informasi Geografis/SIG sudah cukup lama dikenal sejak awal tahun 1960 di Kanada dan Amerika Serikat, yang saat itu banyak digunakan untuk keperluan Land Information System. Saat ini SIG sudah banyak digunakan untuk keperluan lain seperti pengembangan wilayah, perpetaan, lingkungan dan sebagainya.

       SIG ini tidak akan berarti apabila lima komponen (perangkat keras, perangkat lunak, data, pelaksana dan prosedur) pembentuk sistem ini tidak terpenuhi, dengan demikian komponen-komponen tersebut satu sama lain harus benar-benar dapat terpenuhi kriterianya. 

           Ada 2 metode untuk menganalisis data lapangan yang dapat digunakan yakni cara analitik dengan menggunakan metode statistik dan cara grafik dengan menggunakan metode penginderaan jauh.
Pemrosesan citra yang dilakukan sebagai berikut :

1. Perbaikan kontras.
    Perbaikan dilakukan terhadap masing-masing band (XS-1, XS-2, XS-3). Perbaikan kontras    dilakukan dengan metode linier dan eksponensial. Perbaikan kontras (contrast stretching) tidak berpengaruh terhadap nilai asli dari citra.

2. Penyusunan komposit Red-Green-Blue.
    Komposit yang disusun dari band-band (XS-1, XS-2, XS-3) dengan tampilan visual kekontrasan terbaik. Kekontrasan komposit RGB diperbaiki secara keseluruhan dengan mengubah kekontrasan masing-masing band tunggal penyusunnya.
3. Klasifikasi
    Klasifikasi dilakukan dengan menggunakan dua band (XS-2 dan XS-3) dengan metode histogram bidimensional.
4. Koreksi geometrik.
    Koreksi geometrik dilakukan dengan menggunakan metode overlay (tumpang susun) antara hasil citra terklasifikasi dengan peta topografi.

      Hasil analisis otomatik dengan metode penginderaan jauh, dapat digunakan untuk menganalisis vegetasi, struktur, sonasi dan ekologi wilayah pantai tersebut, tetapi sebagai contoh akan disajikan hasil sonasi, struktur dan kondisi saat penelitian.

Kesimpulan

      Metode SIG dapat berguna dalam perencanaan dan pengelolaan wilayah pesisir sehingga dapat dilakukan dengan baik dan terarah serta dapat menghindari eksploitasi yang tidak terkendali.
      Penelitian yang lebih mendalam tentang metode SIG yang ditawarkan masih sangat luas dan belum sempurna mengingat setiap kasus yang dihadapi dapat menimbulkan permasalahan baru yang dapat menimbulkan pemikiran dan teknik-teknik tertentu.
      Penggabungan disiplin ilmu pengetahuan sangat memungkinkan dan sangat diperlukan dalam pengembangan SIG, mengingat kehandalan dari SIG sangat ditentukan oleh data dan informasi yang diperoleh dari pakar yang benar-benar mengetahui bidang ilmu tersebut. SIG juga memungkinkan untuk mengintegrasikan semua disiplin ilmu dalam suatu sistem yang terkoordinasi.

 WHAT IS BIOINFORMATIKA????????

Bioinformatika yakni imu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi di bidang molekular. Bermacam database telah dibuat dan banyak perangkat lunak telah diciptakan. Aplikasi TI dalam bidang biologi/life sciences telah melahirkan bidang Bioinformatika yang dapat diterapkan di bidang perikanan misalnya.

Bioteknologi yang bisa dikategorikan sangat maju adalah rekayasa genetika. Budidaya perairan itu sendiri memegang peranan penting untuk mensuplai kebutuhan pangan dimasa depan khususnya di dunia perikanan. Perkembangan produksi budidaya perikanan sangat pesat dibanding sektor lainnya. Rekayasa genetika pada ikan sangat diperlukan karena rekayasa genetik merupakan alternatif pengembangan budidaya perikanan masa depan. Penggunaan makanan pakan untuk ikan hasil rekayasa genetika  ikan lebih efisien dibanding ikan alami. Ikan hasil rekayasa tumbuh dua kali lebih cepat dan mengkonversi pakan menjadi massa tubuh 10% hingga 30% lebih efisien daripada ikan alami.

Bioinformatika beberapa tahun belakangan ini mulai banyak dibicarakan khususnya dikalangan peneliti dan akademi. Bioinformatika berarti bio dan informatika yang merupakan gabungan antara ilmu biologi dan teknik informatika (TI). Defenisi bioinformatika secara umum dapat diartikan sebagai aplikasi komputasi dan analisa biologi sehingga dapat diinterprestasikan data-data berdasarkan teknik informatika.

Modifikasi genetik mengarah pada perubahan genetik organisme yang tidak ditemukan di alam, termasuk hibrida (keturunan orang tua dari spesies yang berbeda). Pengembangan ikan transgenik menggunakan teknik DNA rekombinan untuk memasukkan materi genetik dari satu organisme ke dalam genom ikan atau organisme air lainnya.

Kesimpulan : bioinformatika merupakan ilmu terapan dengan teknologi yang mengarah pada rekayasa genetika yang dapat diterapkan di banyak bidang seperti di bidang perikanan,Pada bidang perikanan khususnya budidaya sangat penting karena untuk alternatif pengembangan perikanan.

 

Referensi:http://www.wikipedia.com
http://topx666.wordpress.com/tag/bioteknologi/

kesempatan kedua hanya ada satu kali........

NCBI (National Center of Biotechnology Information)

Latar Belakang

      Setiap organisme memiliki sel-sel yang penyusun tubuh yang berbeda-beda, melainkan memiliki variasi sesuai dengan fungsi yang diperankannya meskipun kandungan gen sama. Adanya variasi tersebut disebabkan karena adanya perbedaan pola ketersediaan protein pada masing-masing sel, atau dengan kata lain disebabkan karena perbedaan pola ekspresi gen.Ekspresi gen pada dasarnya merupakan suatu proses sintesis protein. Proses ekspresi gen ini ditentukan oleh sel itu sendiri. Jika sel tersebut membutuhkan suatu protein maka gen tertentu akan diekspresikan, namun jika sel tersebut tidak membutuhkan protein maka gen tersebut tidak diekspresikan.Masa sekarang ini kita dapat dengan mudah mengetahui segala informasi tentang ekspresi gen dengan menggunaka nsebuah server yang bernama NCBI (National Center of Biotechnology Information), di mana di dalam NCBI dapat kita ketahui tentang informasi kesehatan dan bioteknologi tanpa harus bingung mencari buku referensi. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, protein, senyawa aktif dan taksonomi. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap dan diacu oleh para peneliti di dunia.

Tujuan

Tujuan dari artikel NCBI ini,pembaca dapat memahami dan mengerti tentang pengertian NCBI dan dapat mengakses NCBI.

Isi

      NCBI (National Center Of Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI mempunyai keunggulan yaitu, membuat data base dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical.Untuk lebih spesifik lagi, NCBI menyediakan kurang lebih dua program untuk membantu dalam pencarian, yaitu BLAST (Basic Local Alligament Search Tools) dan PCR (Polimerase Chain Reaction). BLAST merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.Para NCBI telah memiliki tanggung jawab untuk membuat tersedia di GenBank DNA urutan database yang sejak tahun 1992. [1] GenBank berkoordinasi dengan laboratorium individu dan database urutan lain seperti orang-orang dari Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (EMBL) dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ) . [2] Sejak tahun 1992, NCBI telah berkembang untuk menyediakan database lain selain GenBank. NCBI menyediakan Warisan Mendel Online di Man , Database Modeling Molekuler (struktur protein 3D), dbSNP database polimorfisme nukleotida tunggal , Koleksi Gene Urutan unik Manusia, Peta Gene dari genom manusia , Browser Taksonomi, dan koordinat dengan National Cancer Institute untuk menyediakan Proyek Genome Kanker Anatomi. Para NCBI memberikan pengenal unik (nomor ID Taksonomi) untuk setiap spesies organisme. Para NCBI memiliki alat perangkat lunak yang tersedia dengan WWW browsing atau melalui FTP. Sebagai contoh, BLAST adalah program yang mencari kemiripan urutan. BLAST dapat melakukan perbandingan urutan DNA terhadap database GenBank dalam waktu kurang dari 15 detik.
Di dalam BLAST (Basic Location Alligament Search tools) terdapat 5 program utama yaitu:

1.      Nucleotida blast (blastn): membandingkan suatu sekuens nukleotida yang kita miliki dengan data base sekuen nukleotida.

2.   Protein blast (blastp): membandingkan suatu asam amino yang kita miliki dengan data base sekuen protein.

3.      Blastx: membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan data base sekuen protein.

4.  Tblastn: membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan data base sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6-frame.

5.      Tblatsx: membandingkan suatu translasi 6-frame dari nukleotida.

Berikut adalah langkah-langkah dalam mengakses NCBI beserta program-progamnya.

>NCBI

1.      Ketik http://www.ncbi.nlm.nih.gov pada location bar pencarian

2.      Pilih preferensi pencarian yang digunakan dan ketik juga molekul yang ingin dicari sebagai kata kunci, kemudian Go

3.     Muncul sekuens yang berkaitan dengan molekul yang dicari dan pilih sekuens sesuai kebutuhan. Sekuens dengan kode awal NM menunjukkan sekuens nukleotida, sedangkan NP menunjukkan sekuens protein.

>BLAST

            1.         Buka halaman awal NCBI dan pilih BLAST

2.        Pada tampilan BLAST, terdapat beberapa pilihan antara lain untuk nukleotida dan untuk protein (pemilihan sekuens mengikuti langkah-langkah sebelumnya).

3.     Klik kolom Allign two or more sequences untuk membandingkan 2 sekuen yang berbeda. Kemudian masukkan sekuen yang dibandingkan ke dalam kolom yang tersedia.

4.         Setelah sekuen dimasukkan, klik tanda BLAST pada bagian bawah

>PCR

            1.        Buka website genbank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

2.   Masukkan urutan DNA ke dalam kolom yang telah tersedia, pada bagian akhir klik GET PRIMER

3.   Design primer juga dapat deperoleh dengan cara sebagai berikut, setelah diperoleh data nukleotida dari genbank, untuk memperoleh design primer dari sekuen nukleotida tersebut dapat dilakukan dengan memilih Analyzed This Sequence>Pick primer

4.   Hasil dari pemilihan tersebut adalah halaman pengisian karakter-karakter primer yang     diharapkan, kemudian pada bagian akhir pilih GET PRIMER

Kesimpulan

Kesimpulan yang diperoleh dari artikel di atas adalah pembaca mampu memahami dan pengertian dari NCBI itu sendiri beserta program-programnya dan mampu mengakses program-program dari NCBI.

Sumber

http://ritariata.blogspot.com/2010/03/pengenalan-ncbi.html

http://brianbio.lecture.ub.ac.id/modul-NCBI-Introduction-BLAST-3D-10-April.html

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

jatijeckdiarys

awalnya saya buat blog ini karena ada tugas Teknologi Informasi dari dosen..
nah...,,sekalian aja buat berbagi informasi pada temand-temand smua...
buat temand;temand semua sering-sering buka blog saya ya,,JATIJECK KUNCORO ARDI..
temand temand semua cukup panggil nama JECK ajah..oke???
SALAM KENAL dari saya.....
SALAM PERSAHABATAN dari saya...
dan yang terakhir...,,,,SALAM PRAMUKA ajah deh...hheeeeeee