Hasil ringkasan jurnal yang berjudul Aplication of Nucleid Acid Therapeutics for Viral Infection in Shrimp Aquaculture atau Aplikasi Terapi-terapi Berbasis Viral Budidaya Udang

Infeksi virus abstrak adalah salah satu alasan utama untuk kerugian ekonomi yang besar dalam budidaya udang. Pengendalian penyakit virus pada udang tetap menjadi tantangan serius bagi akuakultur udang industri. Karena ketiadaan
sebuah sistem yang benar adaptif respon kekebalan pada invertebrata seperti udang, salah satu alternatif dan lebih spesifik pendekatan untuk melawan infeksi virus pada udang dapat penggunaan teknologi berbasis molekuler gen transfer, misalnya
sebagai interferensi RNA (RNAi). Teknologi RNAi menunjukkan cukup menjanjikan sebagai pendekatan terapi dan efisien strategi untuk mengendalikan virus udang di industri akuakultur. Pendekatan alternatif untuk menghindari insiden penyakit virus, udang budidaya industri saat ini menempatkan prioritas sangat tinggi pada spesifik patogen bebas (SPF) seperti penggunaan vaksin rekombinan dan imunostimulan untuk mengontrol terjadinya virus penyakit, yang sangat diinginkan. Namun, invertebrata seperti udang, yang tanpa sebuah adaptif yang benar hanya merespon sistem kekebalan tubuh melalui mekanisme bawaan lahir saja.

Laporan terbaru menunjukkan bahwa penelitian sedang diarahkan pada identifikasi dan karakterisasi kekebalan respon gen dalam rangka untuk memiliki pemahaman yang lebih baik. Mekanisme yang terlibat dalam interaksi inang patogen dan sistem kekebalan tubuh bawaan udang contohnya, sebuah antivirus gen, hemocyanin dan interferon seperti protein. Baru-baru ini, potensi RNAi sebagai alat yang ampuh untuk genomik fungsional telah terealisasi dan sekarang sedang dieksplorasi sebagai strategi pencegahan penyakit untuk terapi pengobatan infeksi virus. Dan pengertian RNAi sendiri adalah suatu mekanisme seluler yang diinisiasi oleh double stranded RNA (dsRNA) dan hasilnya dalam urutan spesifik  yang degradasi RNA target. Kemungkinan penggunaan dsRNA untuk secara efektif dapat memblokir perkembangan virus pada udang terhadap setidaknya tiga virus yakni: WSSV, TSV , dan YHV. Pada udang di industri akuakultur, sindrom bercak putih yang disebabkan oleh tempat virus sindrom putih (WSSV), adalah salah satu yang paling penyakit serius. Wabah penyakit ini virus dilaporkan mengakibatkan kematian 100% dalam waktu 7-10 hari di komersial tambak udang, dan menyebabkan kerugian ekonomi yang besar seluruh dunia. Saat ini, tidak adanya terapi yang efisien untuk mengendalikan infeksi virus ini dan lainnya dalam akuakultur, penggunaan teknologi RNAi pada udang muncul sangat menjanjikan. Meskipun studi awal difokuskan pada RNAi tidak mencapai target, bukti hadir dan keberhasilan dicapai dalam penargetan urutan RNA spesifik virus di banyak organisme.

 selengkapnya dapat dibaca http://www.springerlink.com/content/4172630j75p1t61q/

BIOINFORMATIKA DI BIDANG BUDIDAYA PERAIRAN

Hasil Ringkasan Jurnal Kloning cDNa Hormon Pertumbuhan Dari Ikan Gurame

Kloning cDNa hormon pertumbuhan dari ikan gurame ini dilakukan dengan tujuan untuk memperoleh sekuens DNA komplemen hormon pertumbuhan sebagai langkah awal dalam rangka pengembangan teknologi rekayasa genetik ian gurame dan untuk mengetahui pola distribusi dan ontogeni ekskresi gen growth hormone ikan gurame.

Pendahuluan

           Hormon pertumbuhan merupakan salah satu hormon yang disekresikan oleh somatotrof dan kelenjar pituitari.Hormon pertumbuhan memiliki peran penting yakni dalam pengaturan pertumbuhan dan perkembangan dengan cara mendukung proses pembelahan, diferensiasi, dan pembesaran ukuran sel.

       Sejalan dengan perkembangan ilmu biologi molekuler di bidang perikanan di bidang da dengan mempertimbangkan aspek keamanan pangan serta kelestarian sumberdaya genetik, ahli transgenesis memilih untuk menggunakan konstruksi gen dengan komponen semua penyusun dari ikan.

Bahan dan metode yang digunakan meliputi ekstraksi RNA total dari kelenjar hipofisa, sintesis cDNa, amplifikasi PCR, purifikasi fragmen DNA dari gel, ligasi produk PCR dengan vektor kloning, transformasi dan inkubasi bakteri, seleksi koloni bakteri putih dan pembuatan master plate, isolasi plasmid, serta  sekuensing analisis sekuens.

Pembahasan

           Sekuens dari hasil kloning adalah sangat mirip dengan gen growth hormone dari berbagai jenis ikan, khususnya ian anabantid. Diduga bahwa sekuens hasil kloning tersebut, gen GH ikan gurame.Panjang sekuens GH ikan gurame adalah 843 bp yang menyandikan 204 asam amino residu. Analisis homologi asam amino residu antara gen GH gurame dari gen GH beberapa kelompok ikan, menunjukkan bahwa gen GH ikan sepat memiliki homologi tertinggi dengan GH ikan gurame. Sekuens gen GH dapat digunakan dalam analisis kekerabatan ikan , meskipun hal ini perlu data lebih banyak dan analisis lebih lanjut.

          Analisis sekuens konserf dan domain protein yang diturunkan dari cDNa hasil kloning menunjukkan adanya beberapa situs yaitu signal peptida somatotropin-1, somatotropin-2, kinase kasein fosforilasi, kinase protein C fosforilasi, N-miristoilasi, N-glikoliasi, sehingga cDNa memperkuat dugaan bahwa hasil analisis yang menyatakan bahwa sekuens hasi kloning merupakan sekuens gen GH ikan gurame.Pembuatan rekombinan protein GH dan konstruksi gen juga dapat dilakukan dalam rangka perbaikan kecepatan tumbuh ikan tumbuh di masa datang.

Kesimpulan

1. cDNa hormon pertumbuhan ikan gurame hasil kloning mempunyai ukuran 843 bp dan 204 asam amino residu.
2. Sekuens ikan gurame mengandung elemen-elemen yang konserf untuk gen GH. 
3. Sekuens GH ikan gurame memiliki homologi tertinggi dengan ikan sepat.
   
   

Sumber dapat dilihat di isjd.pdii.lipi.go.id/admind/jurnal/3208183190.pdf