BIOINFORMATIKA DI BIDANG BUDIDAYA PERAIRAN

Hasil Ringkasan Jurnal Kloning cDNa Hormon Pertumbuhan Dari Ikan Gurame

Kloning cDNa hormon pertumbuhan dari ikan gurame ini dilakukan dengan tujuan untuk memperoleh sekuens DNA komplemen hormon pertumbuhan sebagai langkah awal dalam rangka pengembangan teknologi rekayasa genetik ian gurame dan untuk mengetahui pola distribusi dan ontogeni ekskresi gen growth hormone ikan gurame.

Pendahuluan

           Hormon pertumbuhan merupakan salah satu hormon yang disekresikan oleh somatotrof dan kelenjar pituitari.Hormon pertumbuhan memiliki peran penting yakni dalam pengaturan pertumbuhan dan perkembangan dengan cara mendukung proses pembelahan, diferensiasi, dan pembesaran ukuran sel.

       Sejalan dengan perkembangan ilmu biologi molekuler di bidang perikanan di bidang da dengan mempertimbangkan aspek keamanan pangan serta kelestarian sumberdaya genetik, ahli transgenesis memilih untuk menggunakan konstruksi gen dengan komponen semua penyusun dari ikan.

Bahan dan metode yang digunakan meliputi ekstraksi RNA total dari kelenjar hipofisa, sintesis cDNa, amplifikasi PCR, purifikasi fragmen DNA dari gel, ligasi produk PCR dengan vektor kloning, transformasi dan inkubasi bakteri, seleksi koloni bakteri putih dan pembuatan master plate, isolasi plasmid, serta  sekuensing analisis sekuens.

Pembahasan

           Sekuens dari hasil kloning adalah sangat mirip dengan gen growth hormone dari berbagai jenis ikan, khususnya ian anabantid. Diduga bahwa sekuens hasil kloning tersebut, gen GH ikan gurame.Panjang sekuens GH ikan gurame adalah 843 bp yang menyandikan 204 asam amino residu. Analisis homologi asam amino residu antara gen GH gurame dari gen GH beberapa kelompok ikan, menunjukkan bahwa gen GH ikan sepat memiliki homologi tertinggi dengan GH ikan gurame. Sekuens gen GH dapat digunakan dalam analisis kekerabatan ikan , meskipun hal ini perlu data lebih banyak dan analisis lebih lanjut.

          Analisis sekuens konserf dan domain protein yang diturunkan dari cDNa hasil kloning menunjukkan adanya beberapa situs yaitu signal peptida somatotropin-1, somatotropin-2, kinase kasein fosforilasi, kinase protein C fosforilasi, N-miristoilasi, N-glikoliasi, sehingga cDNa memperkuat dugaan bahwa hasil analisis yang menyatakan bahwa sekuens hasi kloning merupakan sekuens gen GH ikan gurame.Pembuatan rekombinan protein GH dan konstruksi gen juga dapat dilakukan dalam rangka perbaikan kecepatan tumbuh ikan tumbuh di masa datang.

Kesimpulan

1. cDNa hormon pertumbuhan ikan gurame hasil kloning mempunyai ukuran 843 bp dan 204 asam amino residu.
2. Sekuens ikan gurame mengandung elemen-elemen yang konserf untuk gen GH. 
3. Sekuens GH ikan gurame memiliki homologi tertinggi dengan ikan sepat.
   
   

Sumber dapat dilihat di isjd.pdii.lipi.go.id/admind/jurnal/3208183190.pdf